一、成為國際級醫學中心：本部將透過追求TAF實驗室認證的督促，以達成提昇檢驗水準之目標，讓病理部的品質真正和國際接軌。

二、量身訂作的個人化檢驗服務：本部將致力推動分子病理實驗室的成立，以建立穩定之分子病理診斷技術。進行探討腫瘤基因、抑癌基因、生長因子表現、追蹤腫瘤標記及染色體之變化等，提供更精確之腫瘤診斷分類及深入地預後評估。同時，病理部已協助成立組織資料庫（Tissue bank）建置於臨醫中心，以配合從事功能性基因體Functional genomics方面的診斷研究。

三、強化產學合作，邁向尖端醫學實驗室：配合後基因體時代的來臨，本部亦將與成大各基礎學科與醫學檢驗科系緊密合作，針對某些特定疾病(特別是癌症及傳染疾病)著手進行有關分子診斷的開發與研究，對於有潛力地檢驗，嘗試以嶄新技術開發或評估適合地商品化生物晶片，進入臨床應用。