病理部之編組乃按照繁多的檢驗及診斷項目所需的不同專門技術而訂。臨床病理科區分為生化、血液、血庫、鏡檢、血清免疫、微生物及病毒等組，每天須分析超過5,000項次之檢體。解剖病理科主要負責組織切片的診斷，全體主治醫師按照組織器官來源，分為肝、肺、腎、泌尿、頭頸部、乳房、內分泌、腸胃、血液病理等次專科。遇疑難病例，常須做電子顯微鏡、免疫及分子病理或原位雜合之特殊技術檢查，以幫助組織切片的確定診斷。另設有細胞病理組，檢驗婦科抹片及痰液、胸腹水，及細針抽吸細胞檢體。分子病理科分子診斷組對於血液腫瘤及組織相容抗原，均可作快速精確的分析及診斷。細胞遺傳組作染色體分析，對遺傳病及特殊腫瘤，提供診斷。

        在教學與諮詢方面，除醫學系及醫學檢驗生物技術學系學生之上課及實習外，尚須訓練解剖病理（四年）及臨床病理（二年）之專科醫師（兩專科合併訓練，合計六年），並提供各臨床科部所需之不同臨床與病理聯合討論會。本部並在各組成立功能小組，由臨床醫師、病理醫師、醫技系教授及組長與醫檢師組成，每週開會，檢討改進各項作業之難題，及提供正確解答。