病理部於96/11/09通過「全國認證基金會」（TAF）ISO 15189醫學實驗室認證，同時取得「受聘僱外國人入國健康檢查作業規範認證醫院」資格。本部認證涵蓋三個科別（臨床病理科、外科病理科、分子病理科）共11個實驗室，認證項目包含：解剖病理學、臨床生化學、輸血醫學、臨床血液學、臨床血清免疫學、臨床微生物學、臨床鏡檢學、細胞遺傳學、分子病理學‧‧‧等，是當時南台灣公私立醫療院所通過最多，且涵蓋檢驗範圍最廣的實驗室。其中細胞遺傳學染色體檢驗，更是全國第一家取得ISO 15189認證的實驗室。ISO 15189認證效期為三年，96年11月取得證書後，歷經五次延展認證，於111年通過延展認證(認證項目明細)。透過認證及維持品質管理系統的過程，病理部專業技術及管理制度全面向上提升，提供臨床即時正確的檢驗及病理報告，幫助醫師進行疾病的診斷及追蹤，為臨床治療的重要依據。內部更建立起人員、文件、試劑、儀器、異常處理、環境安全、時效、品質指標等作業標準化，建立人員內部共識，以病人為中心，提升整體品質。取得認證為病理部追求品質目標的過程，而持續改善才是我們堅持的精神，病理部同仁一定會再接再勵以提供病人最好的檢驗服務。